W praktyce możemy spotykać się z dwiema sytuacjami:

• Wdrożenie w polskim oddziale międzynarodowej firmy - sytuacja o tyle prosta, iż wdrożenie zazwyczaj wykonuje się wg zaleceń i procedur istniejących w korporacji. Z tego też powodu zakres wdrożenia jest zdeterminowany przez założenia przyjęte w korporacji.
• Wdrożenie od podstaw - wdrożenia takie są zazwyczaj bardziej skomplikowane i wiążą się z opracowaniem szczegółowego planu działania. W Lotus Notes tak, jak w każdym systemie opartym na infrastrukturze klucza publicznego, trudne do wykonania są niektóre zmiany w konfiguracji. W związku z tym, błędy popełnione na etapie planowania i wdrożenia będą miały negatywne i trudne do naprawienia w przyszłości skutki. Szczególnie czułymi punktami są zmiany związane ze strukturą organizacyjną oraz polityką certyfikacji. Np. poziom bezpieczeństwa systemu wynikający z przyjętej polityki certyfikacji może nie być możliwy do zwiększenia bez reinstalacji systemu.